Воспитание детей всегда оставалось в центре интересов Бориса Львовича. В одном из писем он замечал: «я совсем не принадлежу себе, обремененный службою и работой, необходимой для скромного существования в СПб с семьей…» Однако даже при постоянной загруженности считал необходимым находить время для детей. В дневнике на протяжении жизни Борис Львович отмечал радости и горести, связанные детьми, беспокойства из-за «столкновений».

Борис Львович часто переезжал: жил и на Невском, и в Павловске, с 1908 года – на Васильевском острове, где сменил семь квартир. Дольше всего он прожил в Академическом доме (7-я линия, дом 2, кв. 15) — с 1913 по 1928 гг. «Квартира Бориса Львовича была незавидной: в нижнем этаже флигеля, выходившего окнами в узкий и тесный Академический переулок. У Модзалевского я попал в настоящий музей. Почти с пола, с уровня человеческого колена и до самого потолка небольшая и не очень высокая комната была завешана бесчисленными портретами малого размера. Рамочки красного дерева, внутри них — позолота. В таком великолепном виде передо мной явились Пушкин и его современники, поэты, писатели, архивные юноши и сановники, военные и моряки всех чиной и рангов и, наконец, их современницы, дамы и барышни».

Борис Львович умер в 1928 году от болезни сердца. Его дело продолжил старший сын — Лев Борисович. Ему же удалось сохранить многие мемориальные вещи из кабинета ученого.