Федор Иванович вскоре стал библиотекарем и смотрителем минц-кабинета, а затем руководителем академической обсерватории. Уже с 1798 года он начал публиковать свои труды по астрономии и математике. А еще редактировал газету «Санкт-Петербургские Ведомости» на немецком языке («St. Petersburgische Zeitung»). На протяжении многих лет выпускал календари: «Санкт-Петербургский месяцеслов» (с 1788 по 1810 гг.), затем — «Карманный месяцеслов», а также астрономические таблицы для флота (они назывались «Морской месяцеслов»). Календарная привилегия была у Академии наук: ведь выпуск календарей позволял получать неплохой доход. Со временем появились тематические календари. А в «Карманном календаре» Ф. И. Шуберта печатались исторические и астрономические статьи.

«Не одна математика была предметом его занятий: он имел глубокие сведения в науках естественных, знал основательно языки восточные, также греческий и латинский, по-французски и английски говорил, как на природных языках, а по знанию и искусству в языке немецком равнялся с классическими писателями Германии».

Особенностью ученого было его умение доходчиво, но в то же время занимательно рассказывать о сложнейших явлениях. Видимо, это качество помогло ему и в воспитании сына и дочерей.

Ф. И. Шуберт скончался в 67 лет от «желудочной горячки» и был похоронен на Смоленском лютеранском кладбище. Некрологи разместили «почти все ученые журналы Европы и Америки».